通勤手当の非課税限度額、改正の動き
会社から支給される通勤手当には、所得税が課税されない「非課税限度額」が定められています。ところが、この限度額について、自動車通勤者を中心に令和7年4月1日に遡って改正される可能性が出てきました。そのきっかけとなったのが、国家公務員の給与改善に関する人事院勧告です。今回の見直しは、多くの自動車通勤者にとっては歓迎すべき朗報である一方、企業の人事・経理担当者にとっては、年末調整での特別対応が求められるという新たな課題をもたらします。本稿では、その背景と改正の内容、そして企業が備えるべき対応策について整理します。
非課税限度額見直しの背景
通勤手当の非課税限度額は、本来、従業員の通勤にかかる実費を踏まえて設定されています。しかし、ガソリン価格の高騰、物価上昇、さらに公共交通機関が使いにくい地域における自動車通勤者の増加といった社会情勢の変化により、従来の基準では実態に合わないケースが目立つようになっていました。
こうした状況を受け、令和7年8月7日に発表された人事院勧告では、自動車通勤者に対する通勤手当の改善が提言されました。人事院勧告は本来、国家公務員の給与を民間水準に合わせる目的で行われますが、その内容は民間の課税ルールにも波及するのが通例です。したがって今回の勧告は、公務員だけでなく、民間企業で働く従業員全体に直接的な影響を及ぼすことになります。
人事院勧告の3つの改正ポイント
今回の勧告では、自動車通勤者の通勤手当について、次の3点が盛り込まれました。
① 新しい距離区分の新設（令和8年4月実施）
現行では「60km以上」に上限が設けられていますが、改正後は65km以上から100km超までを5km刻みで区切る新しい区分が加わります。これにより、非課税限度額の上限は最大66,400円まで引き上げられ、長距離通勤者の負担軽減につながります。
② 現行区分の引上げ（令和7年4月遡及適用）
特に重要なのがこの項目です。既存の「60km以上」の区分についても、200円から7,100円の範囲で引き上げられます。そして実施時期は令和8年4月からではなく、令和7年4月1日に遡って適用される点が大きな特徴です。つまり、令和7年12月の年末調整では、この遡及分を考慮して処理を行う必要が出てきます。
③ 駐車場利用手当の新設（令和8年4月実施）
さらに新しい制度として、駐車場代に対する通勤手当が設けられます。月額5,000円を上限とし、特に都市部で駐車場代の負担が大きい従業員にとっては実質的な増収効果が期待されます。
年末調整での対応が重要となる理由
今回の改正で最も注意すべきは、②の「現行区分の引上げ」が遡及適用となる点です。通常、毎月の給与に対する源泉徴収は、その時点の非課税限度額を基準に計算されます。しかし、令和7年4月以降の支給分は旧基準で処理されているため、本来より多くの税金が源泉徴収されている可能性があります。
年末調整は、その年の所得税を精算する手続きです。改正により非課税限度額が増えることで、課税対象となる所得は減少し、結果的に従業員に還付される税額が発生します。国税庁も、年末調整での対応が必要になる可能性を示しており、企業の人事・経理担当者は制度の詳細を正しく把握し、適切な処理を行う準備が欠かせません。
まとめ
今回の通勤手当非課税限度額の改正は、通勤実態に即した改善であり、従業員にとっては実収入が増える大きなメリットとなります。しかし、遡及適用という特殊な要素を含むため、企業側は年末調整での対応を誤らないよう注意が必要です。早めに情報を整理し、システムや社内ルールを整備しておくことが、従業員からの信頼を守る第一歩となるでしょう。
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